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VITAPCRTM PLATFORM

VitaPCR™Technical Specifications

Dimensioni 15.5 x 16.5 x 20.5 cm (H*W*D)
Peso 1.2kg
Alimentazione 12V, 5A
Touchscreen a colori Display LCD tattile capacitivo da 4"
Canale di fluorescenza FAMTM / VIC® / ROXTM
Pozzetto per il campione Uno
Ambiente di stoccaggio 15-40°C
Ambiente di esercizio 10-38°C ; 10-80%RM
Adattatore INGRESSO: AC100-240V~2.0A Max, 50-60Hz
USCITA: DC 12V - 5A
Nota: Si raccomanda vivamente di utilizzare ESCLUSIVAMENTE l'adattatore fornito da Trentron Biomedical Ltd. o adattatori che soddisfino le suddette specifiche e i requisiti CE (es. EN 60950) per evitare analisi inaccurate o qualsiasi rischio


CARATTERISTICHE PRESTAZIONALI

Sensibilita analitica (limite di rilevazione)
Gli studi LoD (limite di rivelabilita) calcolano la concentrazione piu bassa rilevabile alla quale ≥ 95% (19/20) dei replicati erano positivi.
L’intera lunghezza trascritta in vitro dell’RNA del SARS-CoV-2 (gene N) viene utilizzata nello studio di determinazione del LoD. Questo stock di trascrizione dell’RNA e a titolo noto (copie di RNA/μL) e viene aggiunto al buffer per il prelievo del campione (BPC) costituito da una matrice clinica negativa per simulare il campione clinico. I campioni sono sottoposti alla procedura operativa standard con il test VitaPCR™ SARS-CoV-2 in conformita alle istruzioni per l'uso.
I dati raccolti dimostrano che il test VitaPCR™ SARS-CoV-2 rileva 2,73 copie/μl di trascrizioni di RNA del SARS-CoV-2 con una confidenza (confidence) ≥95%. Questa concentrazione rappresenta quindi il limite di rivelazione.

Dati del test VitaPCRTM SARS-CoV-2
Concentrazione di RNA (copie/µl) Rilevazione dei replicati in % Ct media Deviazione standard (Ct)
SARS-CoV-2 specifico SARS-CoV-2 specifico
54.5 x 10 0 100 (20/20) 32.7 1.528
5.45 x x 10 0 100 (20/20) 36.33 0.577
2.73 x x 10 0 100 (20/20) 36.83 0.868
2.26 x x 10 0 95 (19/20) N/A N/A
0.55 x x 10 0 65 (13/20) N/A N/A

Analisi della specificita (cross-reattivita)
In questo studio, gli organismi sotto riportati sono stati testati in tre replicati. Per dimostrare la specificità del dispositivo per il virus SARS-CoV-2, al campione su cui effettuare il test VitaPCR™ SARS-CoV-2 sono state aggiunte quantità elevate di questi organismi (nella fattispecie 106 CFU/ml per i batteri e 105 TCID50/ml per i virus), con cellule umane della linea cellulare A549 come matrice di base e il test e stato eseguito utilizzando la stessa procedura operativa per verificare se vi fossero reazioni false positive.

Organismi Risultati (Rilevati X/3)
Influenza A/California/7/2009 0/3
Influenza B/Malesia/2506/2004 0/3
Coronavirus umano 229E 0/3
Adenovirus umano di tipo 1 (ceppo Ad71) 0/3
Virus respiratorio sinciziale (Long A) 0/3
Influenza A (H3N2) 0/3

Analisi della specificita in silico (cross-reattivita)
E stata eseguita una BLASRn analisi con il primer e la sonda del test VitaPCR™ SARS-CoV-2 rispetto a tutte le sequenze di acidi nucleici disponibili al pubblico presenti nella GenBank al 06 marzo 2020. La raccolta dei nucleotidi e costituita dalle sequenze della GenBank, EMBL, DDBJ, PDB e RefSeq, ma esclude le sequenze brevettate EST, STS, GSS, WGS, TSA, nonche le sequenze HTGS di fase 0, 1 e 2 e le sequenze piu lunghe di 100 Mb. I parametri di ricerca si regolano automaticamente per sequenze brevi e la soglia attesa e 1000. I punteggi di corrispondenza e mancata corrispondenza (match e mismatch) sono rispettivamente 1 e -3. Le penalita per la creazione e l'estensione di un gap sono rispettivamente 5 e 2.

Le sequenze dei primer forward e reverse per la rivelazione di RNA specifico del SARS-CoV-2 hanno mostrato una omologia di sequenza elevata ai coronavirus del pipistrello. Tuttavia, la sequenza della sonda non ha mostrato alcuna omologia di sequenza con i coronavirus SARS, i coronavirus SARS-like del pipistrello e altri genomi del coronavirus (tranne che per il coronavirus RaTG13 rilevato nei pipistrelli) o il genoma umano. Combinando primer e sonda, non e possibile prevedere alcun potenziale risultato falso positivo alla RT-PCR.

La rivelazione di RNA universale del virus SARS-like e stata progettata per individuare la presenza del SARS-CoV-2, del coronavirus SARS umano e del coronavirus SARS-like del pipistrello e non e stata trovata nessuna omologia significativa con il genoma umano, ne con altri coronavirus umani diversi dal coronavirus SARS, che potrebbero far prevedere risultati potenzialmente falsi positivi alla RT-PCR. Pertanto, combinando il set di primer/sonde specifico per il SARS-CoV-2 e il set di primer/sonde per l’RNA universale del virus SARSlike in multiplex RT-PCR, non e possibile prevedere potenziali risultati falsi positivi alla RT-PCR.

Studio sulle interferenze di sostanze endogene
Lo studio e stato effettuato per dimostrare che la funzione prevista dal test VitaPCR™ SARS-CoV-2 sara utilizzabile anche se il campione viene analizzato in presenza di sostanze endogene comuni. Sono state testate le sostanze interferenti singolarmente e a campioni positivi con 2x LoD sono state aggiunte le sostanze interferenti per verificare se esiste la possibilita di ottenere risultati imprevisti. Di ciascun test sono state eseguite tre repliche.

Sostanze interferenti: La tabella che segue mostra la valutazione delle sostanze interferenti per la capacita di generare risultati falsi positivi:

Sostanze potenzialmente interferenti Concentrazione Risultati (Rilevato X/3)
Mucina: ghiandola sottomascellare bovina, tipo I-5 0.05% 0/3
Sangue (umano) 0.1% 0/3


Sostanze interferenti: La tabella che segue mostra la valutazione delle sostanze interferenti per la capacita di generare risultati falsi positivi:

Sostanze potenzialmente interferenti Concentrazione Livello del ceppo virale (In 2x LoD) Risultati (Rilevati X/3)
Mucina: ghiandola sottomascellare bovina, tipo I-5 0.05% 5.46 x 100 3/3
Sangue (umano) 0.1% 5.46 x 100 3/3

Prestazioni cliniche
A causa della difficoltà di ottenere campioni con infezione da SARS-CoV-2, le caratteristiche prestazionali dei test del VitaPCRTM SARS-CoV-2 sono state valutate utilizzando campioni clinici creati artificialmente. In questo test è stata utilizzata l'intera lunghezza trascritta in vitro dell'RNA del virus SARS-CoV-2 (gene-N). Questo stock di trascrizione dell'RNA a titolo noto (copie di RNA/μL) è stato preparato a diverse concentrazioni per aggiungerlo a 30 singoli campioni negativi di tamponi RF o OF. L'operazione è stata condotta in cieco e in modo randomizzato. Il trascritto è stato aggiunto nel buffer per il prelievo del campione (4 ml), in cui sono stati inseriti i singoli campioni di tampone RF o OF negativi. A 20 campioni di tampone RF o OF è stata aggiunta una quantità pari a 1.5x LoD, 5 at 3x LoD, e 5 a 5x LoD. Altri 30 singoli campioni di tampone RFo OF negativi sono stati lasciati senza aggiunta. In breve, i campioni di tampone RF o OF in campioni sono stati addizionati per creare artificialmente campioni con diverse concentrazioni di RNA, e sono quindi stati sottoposti alla procedura di test VitaPCR TM SARS-CoV-2 descritta nel presente paragrafo.

Tutti e 60 i campioni sono stati distribuiti in ciedo e randomizzati ad operatori imparziali per essere analizzati con il test VitaPCRTM SARS-CoV-2 allo scopo di generare la percentuale di concordanza positiva (PPA), la percentuale di concordanza negativa (NPA) e la percentuale di concordanza totale (OPA) come misura dell'accuratezza diagnostica stimata.

Campioni rinofaringei (RF) Campione clinico creato artificialmente (risultato atteso)
Variabile Stato Positivo Negativo
Test VitaPCRTM SARS-CoV-2 Positivo 30 0
Negativo 0 30
Percentuale di concordanza positiva (PPA (95% Cl)1 100% (91.5 - 100)
Percentuale di concordanza negativa (NPA (95% Cl)2 100% (91.5 - 100)
Percentuale di concordanza totale (OPA (95% Cl)3 100% (91.5 - 100)
Note:
1 Percentuale di concordanza positiva = [veri positivi / (veri positivi + falsi negativi)] * 100%
2 Percentuale di concordanza negativa = [veri negativi / (veri negativi + falsi positivi)] * 100%
3 Percentuale di concordanza totale = [(veri positivi + veri negativi) / (veri positivi + falsi negativi + veri negativi + falsi positivi)] * 100%


Campioni orofaringei (OF) Campione clinico artificiale (risultato atteso)
Variabile Statuo Positivo Negativo
Test VitaPCRTM SARS-CoV-2 Positivo 30 0
Negativo 0 30
Percentuale di concordanza positiva (PPA (95% Cl)1 100% (91.5 - 100)
Percentuale di concordanza negativa (NPA (95% Cl)2 100% (91.5 - 100)
Percentuale di concordanza totale (OPA (95% Cl)3 100% (91.5 - 100)
Note:
1 Percentuale di concordanza positiva = [veri positivi / (veri positivi + falsi negativi)] * 100%
2 Percentuale di concordanza negativa = [veri negativi / (veri negativi + falsi positivi)] * 100%
3 Percentuale di concordanza totale = [(veri positivi + veri negativi) / (veri positivi + falsi negativi + veri negativi + falsi positivi)] * 100%

i nostri valori

10 valori fondamentali hanno segnato il cammino del nostro Gruppo.

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